Pandemian alusta lähtien diagnostisilla testeillä on ollut keskeinen rooli SARS-CoV-2:n, aiheuttavan viruksen, leviämisen hallinnassa.COVID 19.Nopeat antigeenitestitkotona tai kliinisessä ympäristössä suoritettuna tulokset 15 minuutissa tai vähemmän.Mitä aikaisemmin henkilöllä diagnosoidaan, sitä nopeammin hän voi hakeutua lääkärin hoitoon ja eristäytyä muista.Mutta kun viruksen uusia variantteja ilmaantuu, näitä muunnelmia ei välttämättä havaita näillä testeillä.
Useimmat nopeat antigeenitestit on suunniteltu havaitsemaan SARS-CoV-2-nukleokapsidiproteiini tai N-proteiini.Tätä proteiinia löytyy runsaasti viruspartikkeleista ja tartunnan saaneista ihmisistä.Pikatestisarjas sisältävät yleensä kaksi erilaista diagnostista vasta-ainetta, jotka sitoutuvat N-proteiinin eri osiin.Kun vasta-aine sitoutuu näytteessä olevaan N-proteiiniin, testipakkaukseen ilmestyy värillinen viiva tai muu signaali, joka osoittaa infektion.
Proteiini N koostuu 419 aminohapon rakenneyksiköstä.Mikä tahansa niistä voidaan korvata toisella aminohapolla mutaatiolla.Tutkimusryhmä, jota johtaa Ph.D.Philip Frank ja Eric Ortlund Emoryn yliopistosta päättivät tutkia, kuinka tämä yksittäinen aminohappomuutos vaikuttaa nopean antigeenitestin suorituskykyyn.He käyttivät syvämutaatioskannaukseksi kutsuttua tekniikkaa arvioidakseen samanaikaisesti, kuinka kukin viruksen N-proteiinin mutaatio vaikuttaa sitoutumiseen diagnostiseen vasta-aineeseen.Heidän tulokset julkaistiin Cellissä 15.9.2022.
Tutkijat loivat kattavan kirjaston, joka sisältää lähes 8 000 N-proteiinimutaatiota.Nämä variantit muodostavat yli 99,5 % kaikista mahdollisista mutaatioista.Sitten he arvioivat, kuinka kukin variantti oli vuorovaikutuksessa 17 erilaisen diagnostisen vasta-aineen kanssa, joita käytettiin 11 kaupallisesti saatavilla olevassa nopeassa antigeenitestissä, mukaan lukien yleisetkotisetit.
Ryhmä arvioi, mitkä N-proteiinimutaatiot vaikuttavat vasta-aineiden tunnistamiseen.Näiden tietojen perusteella he loivat "pakomutaatioprofiilin" jokaiselle diagnostiselle vasta-aineelle.Tämä profiili tunnistaa spesifisiä mutaatioita N-proteiinissa, jotka voivat vaikuttaa vasta-aineen kykyyn sitoutua kohteeseensa.Analyysi osoitti, että tämän päivän pikatesteissä käytetyt vasta-aineet tunnistavat ja sitovat kaikki SARS-CoV-2:n menneet ja nykyiset huolenaiheet ja huolta aiheuttavat variantit.
Vaikka useat diagnostiset vasta-aineet tunnistavat saman N-proteiinin alueen, tutkijat havaitsivat, että jokaisella vasta-aineella on ainutlaatuinen pakomutaatioiden allekirjoitus.Kun SARS-CoV-2-virus mutatoituu edelleen ja tuottaa uusia variantteja, näitä tietoja voidaan käyttää merkitsemään testipakkauksen vasta-aineita, jotka on ehkä arvioitava uudelleen.
"Tarkastuneiden yksilöiden tarkka ja tehokas tunnistaminen on edelleen kriittinen strategia COVID-19:n lieventämiseksi, ja tutkimuksemme tarjoaa tietoa tulevista SARS-CoV-2-mutaatioista, jotka voivat häiritä havaitsemista", Ortlund sanoi."Tässä hahmoteltujen tulosten avulla voimme sopeutua nopeasti tähän virukseen, kun uusia variantteja ilmaantuu jatkuvasti, ja niillä on välittömiä kliinisiä ja kansanterveydellisiä vaikutuksia."
Tausta: Mutation Deep Scan havaitsee pakomutaatiot SARS-CoV-2-nukleokapsidissa käyttämällä tällä hetkellä saatavilla olevia nopeita antigeenitestejä.Frank F., Kin MM, Rao A., Bassit L., Liu H, Bowers HB, Patel AB, Kato ML, Sullivan JA, Greenleaf M., Piantadosi A., Lam VA, Hudson VH, Ortlund EA cell.2022 15. syyskuuta;185(19):3603-3616.e13.Sisäasiainministeriö: 10.1016/j.cell.2022.08.010.29. elokuuta 2022 PMID: 36084631.
Rahoitus: National Institute for Biomedical Imaging and Bioengineering NIH (NIBIB), National Institute of Diabetes, Digestive and Kidney Diseases (NIDDK) ja National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), American Heart Association.
NIH Research Matters on viikoittainen päivitys tärkeimmistä NIH:n tutkimustuloksista, jotka NIH:n asiantuntijat arvioivat.Sen on julkaissut Kansallisten terveyslaitosten johtajan viestintä- ja julkishallinnon toimisto.